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菌種鑒定機構菌種是用于發酵過程作為活細胞催化劑的微生物，包括細菌、放線菌、酵母菌和霉菌四大類。 菌種的常規鑒定內容有形態特征和理化特性。形態特征包括顯微形態和培養特征；理化特性包括營養類型、碳氮源利用能力、各代謝反應、酶反應和血清學反映等。
檢測標準
| 項目名稱 | 檢測項目 | 檢測依據 |
| 微生物分析鑒定 | 食品：曲霉屬、青霉屬、鐮刀菌屬、木霉屬、頭孢霉屬、單端孢霉屬、葡萄狀穗霉屬、交鏈孢霉屬、節菱孢屬 | GB/T4789.16-2003食品衛生微生物學檢驗常見產毒霉菌的鑒定 《真菌鑒定手冊》 《常見與常見真菌》 |
其他：污染霉菌分析、制作菌種鏡檢標本、菌種鑒定、測試瓶（硫酸鹽還原菌、鐵細菌、腐生菌、細菌測試瓶） |
菌種鑒定機構菌種鑒定一般采用的方法
菌種鑒定的方法一般有常規鑒定和分子生物學方法：
(1)常規鑒定：菌落形態觀察、革蘭氏染色、菌毛染色、糖類分解實驗、吲哚實驗、淀粉水解實驗、V-P實驗、甲基紅實驗、檸檬酸鹽利用實驗、硝酸鹽還原實驗、接觸酶實驗等
(2)分子生物學方法：細菌16SrDNA菌種鑒定：提取DNA，特定引物PCR擴增，PCR產物純化測序，進化樹分析；真菌18S rDNA/ITS菌種鑒定流程也是一樣的。
菌種鑒定基本步驟
在實驗室中，主要是根據所用的鑒定儀器特點、感染性疾病的類型、標本種類、采集部位等因素建立具體的微生物學檢驗程序。大致步驟如下。
1．獲得被鑒定菌種的純培養菌落。
2．確定染色（革蘭染色、抗酸染色）、形態和排列，按科、屬、種依次鑒定下去。
3．運用知識、經驗、最小數量的試驗方法做出鑒定。
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